Comparative Genomic Hybridization 적용을 위한 Degenerate Oligonucleotide Primed PCR에 관한 연구

• 영문명: Degenerate Oligonucleotide Primed PCR for the Application to Comparative Genomic Hybridization
• 발행기관: 대한해부학회
• 저자명: 김선헌(Sun-Hun Kim) 강성진(Sung-Jin Kang) 김민석(Min-Seok Kim) 이은주(Eun-Ju Lee) 이재혁(Jae Hyuk Lee) 최 찬(Chan Choi) 김백윤(Baik-Yoon Kim)
• 간행물 정보: 『대한해부학회지』제33권 제1호, 41~48쪽, 전체 8쪽
• 주제분류: 의약학 > 의학일반
• 파일형태: PDF
• 발행일자: 2000.02.28

국문 초록

전체 DNA를 증폭하는 방법으로 degenerate oligonucleotide primer (DOP)를 이용하는 방법을 DOP-PCR이라 하고, DOPPCR에 의해 증폭된 DNA를 직접 fluorescent in situ hybridization 등의 연구에 적용함으로써 그 유용성이 입증된 바 있다. 최근 comparative genomic hybridization (CGH)가 소개되고 DOP-PCR을 CGH 연구에 적용하기 위한 방법론적 연구가 계속되고 있다. 그러나 지금까지 보고된 CGH에 적용된 DOP-PCR은 매 주기마다 sequenase를 추가하는 방법을 이용하고 있어 매우 힘들고, PCR 과정에서 DOP을 사용하기 때문에 어떤 종류의 DNA에도 priming하여 오염이 쉽게 되는 문제점을 안고 있다. 또한 DOP-PCR은 전체 유전자를 증폭해야 하는데 모든 부위가 동일한 양으로 증폭되는지에 대하여는 확실하지 않다. 따라 서 본 연구는 sequenase를 PCR 초기에 이용하지 않고 얻은 DOP-PCR 산물을 CGH에 직접 적용하여 그 적용 가능성을 확인하고, DOP-PCR이 전체 DNA를 증폭할 수 있는지 여부를 CGH와 genotyping을 이용하여 구명하고자 시도되었다. DOPPCR 결과 DNA는 이용된 DNA가 신선한 경우 약 0.6~2 kb, 파라핀에 포매된 조직의 DNA는 0.2~0.7 kb로 CGH에 충분히 적용될 수 있는 크기였다. DOP-PCR 정상 DNA vs. non-DOP 정상 DNA의 CGH에서 profiles ratio는 1에 근접하지 않았으나, DOP-PCR 종양 DNA vs. DOP-PCR 정상 DNA의 CGH와 non-DOP 종양 DNA vs. non-DOP 정상 DNA의 CGH의 두 profiles의 전체적 유형은 전 염색체에 걸쳐 서로 일치하였다. DOP-PCR DNA와 non-DOP DNA를 이용한 genotyping 분석에서 무작위로 선택된 microsatellite allele은 모두 동일한 위치에 출현하였다. 상기 결과는 DOP-PCR은 CGH 연구와 genotyping 분석에 이용될 수 있음을 시사하는 소견이었다.

영문 초록

Degenerate oligonucleotide primed PCR is an useful technique to amplify whole genome and its the applications for fluorescent in situ hybridization and comparative genomic hybridization (CGH) were reported. For the CGH, topoisomerase and sequenase were recommended to use for the better hybridization. But adding the enzymes to PCR reaction per every cycle is labor-intensive and can easily contaminate PCR reaction. This study was carried out to prove the possibility of application of DOP-PCR to CGH without use of sequenase. Several combinations of CGH e.g., DOP-PCR amplified normal DNA vs. DOP-PCR amplified normal DNA, DOP-PCR amplified normal DNA vs. non- DOP normal DNA, DOP-PCR amplified normal DNA vs. DOP-PCR amplified MCF-600 cell line DNA, and non-DOP normal DNA vs. non-DOP MCF-600 DNA were performed. In addition, randomly selected microsatellite loci were tested to know whether DOP-PCR covers whole genome amplification. Apparently the DOP-PCR provides enough amount and size of DNA for CGH application and covers whole genome amplification. These results suggest that DOP-PCR can be used for CGH and genotyping.

키워드

DOP-PCR CGH genotyping