독도연구소는 일본이 영토분쟁의 지역으로 만들려고 하는 독도를 대상으로 하여, 역사적, 문화적으로 뿐만 아니라 지리적, 생태적으로 연구함으로써 독도가 한국의 영토라는 사실을 명백하게 밝히기 위하여 설립되었다. 특히 이 과정에서 일본측의 독도 영유권 주장이 지니고 있는 허구성과 부당성을 증명하고, 나아가서는 세계적으로 문제가 되고 있는 무주지 분쟁에 대한 연구를 병행함으로서 국제 사회에서 용인될 수 있는 이론을 개발하며, 국내의 독도 연구를 총체적으로 취합하는 인푸라를 구축하여, 명실상부한 독도 연구의 총 본산을 만드는데 그 목적을 두고 있다.