교육과학연구소는 인문사회, 자연과학, 영재 및 특수교육, 글로벌교육에 관한 심층연구 뿐만 아니라, 문과와 이과 분야의 학제 간 연구로 교과내용학과 교과교육학, 그리고 일반교육학이 융합해 통합적이고 체계적인 연구 활성화를 도모하며, 그 성과를 학교현장에 적용함으로써 교육과학의 발전과 학교교육의 발전에 기여함을 목적으로 한다.