교육종합연구원은 사회 일반의 이익에 공여하기 위하여 공익법인의 설립 운영에 관한 법률규정에 따라 한국 교육의 현실에 맞는 교육 이론의 정립, 교육 정책의 개발, 각 급 학교의 교과 연구, 청소년 교육 및 다문화가정 자녀 교육, 장애인 교육 등을 통하여 교육 및 사회 발전에 이바지함을 그 목적으로 한다.