본 학회는 선박건조 및 선박운항 분야의 기술력 발전을 위하여 1976년에 창립되었으며(한국항해학회), 관련 학계 및 업계 인사들 간의 활발한 교류를 통하여 이 분야의 발전에 기여하고, 국제적으로는 외국학회와의 광범한 제휴를 통하여 우리나라 선박건조 및 선박운항 기술의 발전에 초석이 되어오고 있음. 한편, 한국항만학회는 항만의 건설 및 항만을 이용한 다양한 물류 활동에 필요한 기술력 발전을 위하여 1985년에 창립되었으며, 항만의 건설을 위한 해양토목, 항만의 효율적 운영을 위한 자동화, 물류 수송계획 등을 주요 학문 분야로 하여 국내 해상운송 활성화를 위한 기술 발전에 기여해 오고 있음 해상운송에 있어서 필수적인 두 학문 분야는 상호 보완적인 관계이며 상호 학문분야의 교류 및 융합이 더욱 더 효율적이라는 의견에 따라, 2002년에 한국항해학회와 한국항만학회를 통합하여 현재의 한국항해항만학회가 출범되었고, 현재 선박운항과 해사산업 및 항만지역사회의 균형있는 발전을 도모하고 이와 관련된 분야의 학문과 기술에 관한 연구 및 산학협동에 주력하고 있음